[부가가치세 공통매입세액계산]과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액에서 불공제 대상인 매입세액을 가리는 방법

[부가가치세 공통매입세액계산]과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액에서 불공제 대상인 매입세액을 가리는 방법


대법원 2017두55329 부가가치세부과처분취소 (아) 파기환송
[부가가치세 공통매입세액의 안분계산방법이 문제된 사례]

◇1. 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액에서 불공제 대상인 매입세액을 가리는 방법, 2. 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 별도의 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국고보조금 등을 지급받는 경우, 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용할 수 있는지 여부(소극) 및 이 경우 불공제 대상인 매입세액을 가리는 방법◇

1. 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 매입세액이 오로지 비과세사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통매입세액 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다(대법원 2011. 9. 8. 선고 2009두16268 판결 등 참조).
2. 다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 관하여 거래상대방으로부터 별도의 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받은 경우로서 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우라면 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산하도록 한 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항의 규정을 유추 적용할 수는 없다. 따라서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 할 것이다(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 등 참조).
원고가 철도산업발전기본법에 따라 국토해양부장관과 체결한 2008년 공익서비스비용 보상계약에 따라 제공한 노인 등 철도운임 감면, 벽지노선 운영, 특별동차 운영 등에 대한 공익서비스의 경우 별도의 비과세사업에 해당한다는 전제 아래, 그에 대한 대가로 국가로부터 지급받은 위 공익서비스보상액을 비과세사업의 수입금액으로 보아 구 부가가치세법 제61조 제1항을 유추 적용하여 공통매입세액을 안분하여야 한다고 본 원심을, 위 공익서비스보상액은 구 부가가치세법 제13조 제2항 제4호에 따라 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당한다고 봄이 타당하므로 원심이 전제한 비과세사업에 관한 용역의 공급대가로 볼 수 없어 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 적용 또는 유추 적용할 수 없다는 이유로 파기한 사례